以改善疾病的预后为目标，内科专家组开展了肝胆系癌的靶向治疗。这些药物是基因工程抗体或分子，主要针对癌症中高表达而正常组织中不表达的特殊靶点。例如，这些药物可以阻断诱发癌细胞复制的特定机制，或阻断肿瘤组织的血供。同时一项使用以奥沙利铂为基础的联合化疗方案治疗晚期肝癌患者的国际多中心研究正在进行中。
肝癌外科治疗的一个挑战是，即使切除所有肉眼可见的肿瘤组织，仍有三分之二的患者出现复发。主要原因是肿瘤外科医师肉眼不可能发现所有显微镜下可见的肝癌细胞，手术后这部分癌细胞会继续增殖。医师提倡使用肝内灌注化疗法来治疗结肠癌肝转移病灶，并在肝脏手术过程中联用该化疗。肝内灌注化疗通过在腹腔内埋泵直接输注化疗药。一项新的研究已经启动，目的是评价无法手术切除的原发性肝癌患者使用肝内灌注化疗的安全性和有效性。

为了消除肝脏手术后的残癌细胞，的研究者致力于利用患者自身免疫系统来杀伤残癌细胞。此外，关于溶瘤病毒(指选择性感染和杀伤肿瘤细胞的病毒)的研究有较好前景，还有更多的深入研究正在进行当中。